A Pró-Reitoria vem desenvolvendo ações e parcerias com diversas instituições para fortalecer a pesquisa e a pós-graduação na instituição. Dentre essas ações, destaca-se a realização da I Jornada da Produção Científica da Educação Profissional e Tecnológica da Região Sul. Esse evento promovido, em conjunto com a SETEC/MEC, teve a participação de 900 pessoas entre alunos e docentes, com a inscrição de 448 trabalhos que foram selecionados e apresentados em Comunicações Orais, Mini-cursos e Painéis. Além da Jornada Regional, a instituição participou ativamente da II Jornada Nacional, em dezembro de 2007, em São Luis do Maranhão, com a aprovação de 43 trabalhos. O IF-SC participou, com 100 congressistas, entre alunos e servidores, da II Jornada Sul, realizada no CEFET-Pelotas em agosto de 2008. Imbuído de produzir e disseminar conhecimento, o IF-SC projeta-se na produção e incorporação de inovações tecnológicas e, sabendo que a ciência, a tecnologia, a educação e a inovação são estratégicas, para o desenvolvimento social, econômico, político e cultural do País, está implantando, no âmbito institucional, diretrizes estratégicas para a Ciência, Tecnologia e Inovação.

A atividade de pesquisa no IF-SC é um dos meios de geração de conhecimento próprio, de transferência de tecnologia e inovações tecnológicas. Para tanto, leva em conta a identificação do avanço tecnológico, das necessidades da sociedade e do setor produtivo. A conseqüente difusão desse conhecimento, por meio dos cursos de nível técnico, tecnológico e de pós-graduação, resulta em forte interação entre  ensino, pesquisa e extensão.